在被茂密的树林包围着的黑夜之国里，塔米诺与巨大的怪兽（蛇）奋战而昏倒，夜女王的三个侍女出手相救。在侍女们离开的空当，猎鸟人帕帕奇诺出现了。从昏迷中清醒过来的塔米诺以为救自己的是帕帕奇诺，但三个侍女回来后揭穿了一切。这时夜女王出现并请求塔米诺从萨拉斯特罗那里救出自己的女儿。听了女王的话，塔米诺决心一定要救出公主，并接受了作为礼物的魔笛，上路了。到了萨拉斯特罗的城堡，塔米诺见到帕米娜，两人一见钟情，同时也知道了被认为是恶魔的萨拉斯特罗原来是热爱和平的人。萨拉斯特罗以严肃的表情告诉塔米诺，要想与帕米娜结婚，必须经受住磨炼。第一个磨炼就是无论发生什么事都要保持沉默。塔米诺顺利通过考验。这时，夜女王出现在帕米娜面前，命令帕米娜杀死萨拉斯特罗。帕米娜因做不到而十分痛苦。最后塔米诺和帕米娜以智慧和爱克服了所有磨难得到了王徽。但是，想要支配全世界的夜女王引发了战争，塔米诺用魔笛声战胜了夜女王，为整个世界赢得了和平。